ok algunas de estas funciones te seran de utilidad:
memset: para llebnar un buffer char* con NULL
fopen: para abrir un archivo
fgets: para leer una linea de un archivo de texto
fscanf: para leer una palabra de un archivo de texto
strcmp: para comparar una cadena con otra
fseek: para desplazarce dentro de un archivo
fclose: para cerrar un archivo
-Primero has una funcion para leer solo la primera palabra de un archivo y compararla con la primera del otro.
-UNa vez hecho modificala para que lea a primera palabra de un archivo y la compare con todas las palabras del otro.
-Despues modifica para que haga lo mismo anterior pero que cada vez que termine una palabra del primer archivo siga con la otra.. dentro de un ciclo claro.
-y listo... ya el resto es facil
Ahora solo haslo y nos comentas tus dudas.