Bueno realmente eso depende del sistema contable..
no hay nada previamente establecido.
Debes comenzar haceiendo un estudio del flujo de informacion en tu compañia, te debes apoyar en el modelo entidad relacion y en el modelo relacional.
No es muy complicado pero tampoco es algo que sepa hacer todo el mundo, sino tienes conocimientos de sistemas de infomacion, lo mejor sera que consigas un ingeniero de sistemas o algo asi que te ayude a diseñar la base de datos.