Es simple, si los datos ya estan ordenados tan solo tienes que tener dos punteros FILE a los archivos, y simplemente vas leyendo intercalado es decir, lees un registro de archivo1 lo escribes en archivo3 luego lees del archivo2 y lo escribes en archivo3 y asi hasta que termines con ambos archivos..
Se entiende ?
Saludos.-
PD: Si quieres mas ayuda publica el formato exacto de los archivos y como deberia quedar el tercero, asi si tengo tiempo te puedo ayudar mas...
Suerte!