Si utilizas el Setup Factory no tienes que utilizar el empaquetador de Visual Basic, ya que el propio setup factory te escanea el proyecto añadiendo al instalador las dll y ocx que necesite el programa para que funcione correctamente.
Pasos a Seguir:
1º Selecciona Crear un nuevo proyecto con el asistente y sigue los pasos.
![](http://C:Documents%20and%20SettingsrgarciaDesktopImage1.jpg)
2º En Tools/Scan Dependencies, selecciona el ejecutable de tu aplicación para que escanee las dependencias.
![](http://C:Documents%20and%20SettingsrgarciaDesktopImage2.jpg)
3º En tools/Scan Visual Basic Project, selecciona el proyecto de tu aplicación para que escanee las dll y ocx que necesita tu aplicación para que funcione correctamente.
![](http://C:Documents%20and%20SettingsrgarciaDesktopImage3.jpg)
4º Selecciona los ficheros que no te interesan que vayan en el instalador, como por ejemplo los ficheros del código.
![](http://C:Documents%20and%20SettingsrgarciaDesktopImage4.jpg)
5º En el caso de que tu aplicación ataque contra una base de datos y no te la haya añadido por estar ubicada en otra carpeta añade el fichero.
6º Modifica si quieres las ventanas y características del diseño del instalador pulsando en los botones del lado izquiezdo General Design y Screens.
Espero que con esto te hayas aclarado un poco, luego ya es que investiges tu y poco a poco irás descubriendo cosas nuevas.
Un saludo.