Hola RFVOLPE:
Hasta donde conozco y he trabajado la unica forma de verificar el tipo de archivo que estas importando es por la extensión, aunque es cierto lo que planteas que cualquier documento se le puede cambiar la extensión y volverlo pdf, quizá puedas optar por agregar alguna condición donde no se acepten archivos 0Kb, o sea sin información... De igual forma es una pena no poder ayudarte