Hay varias maneras de trabajar eso, depende de como lo quieras trabajar. Por ejemplo:
1) Si utilizas la base de datos SQL Server 2008 R2, tiene la función para sincronizar varias bases de datos a una sola, cada sucursal apuntaría a su base local y el gestor de bd se encargaría de sincronizar, para realizar eso es necesario primero contar con la licencia de SQL Server y segundo con los conocimientos necesarios, ahí entra en función el administrador de BD (Existen otras bases de datos que tienen esa misma función como Oracle).
2) También lo puedes realizar en programación, debes programar todo un gran módulo de sincronización así como también contemplar un muy buen diseño de base de datos para que no tengas problemas con la integridad de tú bd, por lo general es un servicio de windows que se encarga de sincronizar las tablas que se deseen. (está opción es la que yo utilizo).
Pueden existir más opciones como programas que lo sincronicen, pero todo depende realmente de que tan bien tengas la estructura de tú BD.
Espero te haya dado una idea de como trabajar esa parte.
Saludos!
