Depende de que tan complejo desees hacer el sistema o más bien depende de la necesidad que tengas tú o tus clientes con el sistema.
Me refiero a que lo ideal al menos para mi sería trabajar con base de datos distribuidas, sin embargo sincronizar sus datos a una base de datos centralizada, es decir, las sucursales me imagino que no necesitas ver todas las tablas, sólo algunas por ejemplo clientes, productos, ventas, etc.. y en contra parte en el sistema "administrativo" necesitas de todos los registros de todas las sucursales.
Lo más fácil es trabajar con una sola base de datos centralizada, sin embargo, si la empresa no cuenta con una infraestructura de red o internet de buena calidad en cada sucursal se verá lento el tiempo de respuesta en las sucursales, es por eso que te recomiendo usar base de datos distribuidas (en las sucursales) y programar un servicio que sincronice los datos de la sucursal a la base de datos centralizada, debes tener mucho cuidado al momento de realizar tú entidad relación, ya que es muy importante mantener la integridad con los datos.
Espero la información te haya servido..
Saludos!
