Buenas Gerloxxx,
Como el usuario es quién decide los campos que se deben ocultar en el datagrid para no exportarse al excel marcándolos con checkboxes lo que he hecho ha sido eliminar las columnas que seleccionen y listo.
If CheckBox1.Checked = False Then
Me.DataGridView1.Columns.Remove("columna_a_eliminar")
End If