Hola s.valdenegro, la verdad no se para que tanta complicacion, y porque esa insistencia de que todos los paneles queden en el mismo lugar, pero bueno, veamos que se puede hacer.
Para empezar tu mismo estas reconociendo tu error:
ya que un panel está contenido en otro y yo quiero tenerlos por separado
O sea, quieres tenerlos por separado, pero tu mismo dices que tienes un panel dentro de otro.
Entonces la solucion es tener los paneles por separado y no uno dentro de otro.
Para lograrlo:
1. Primero crea tus paneles en lugares diferentes de tu ventana, que no queden encimados, para garantizar que realmente queden separados, y no uno dentro de otro, no te preocupes de su posicion, que eso se arregla despues, suponiendo que quieres 3 paneles (si necesitas mas espacio, haz mas grande tu fromulario), colocalos asi:
2. Coloca los controles que necesites dentro de cada panel, y colocalos en la posicion relativa respecto al panel en donde necesitas cada control (tip, puedes modificar la propiedad Location de cada control que esta dentro del panel panel, de esa forma el resultado es mas exacto)
3. Por ultimo, ya que cada panel tiene los controles que necesitas, ahora si, mueve cada panel a su posicion definitiva, o modifica la propiedad Location de los paneles de tal forma que sea la misma para cada panel que quieras , voila, veras que ahora si, todos los paneles quedaron separados, y se podran Mostrar/Ocultar (Propiedad Visible) de manera separada. Si cambiaste el tamaño de tu formulario, cuando termines de acomodar, regresalo a su tamaño original (propiedad Size)
Espero que eso resuelva tu problema
Saludos
