La variable PATH indica al sistema donde puede encontrarse un comando que tu busques.
Si tu zona de desarrollo es en Scripts y esta carpeta se encuentra en la variable PATH, cuando este en una terminal,ya sea donde sea el lugar:
C:\Users\mresimulator>> python script.py
El sistema buscara el primer parámetro en la variable PATH, en caso de no encontrarlo, te saltara que Python no es un comando interno o externo.
El proceso de busqueda del sistema de PATH es muy simple, lee de izquierda a derecha, y si encuentra el fichero dentro de alguna de esas carpetas, pues retorna la ruta y lo ejecuta.
Yo sinceramente te recomiendo que pongas solo añadas la ruta del ejecutable de Python, y trabajar con tus scripts en cualquier lado, y cuando veas que un código es realmente estable y útil lo puedes poner en una carpeta que se encuentre en path para su uso.
Para una programación adecuada creo que solo es esa variable la que debes modificar.
Creo que ahi te refieres ya a crear módulos y si es ese caso, te recomiendo que leas el siguiente articulo:
http://mundogeek.net/archivos/2008/03/28/python-modulos-y-paquetes/
