SoloCodigo

Hola Virusvicio, bienvenido al foro.

Bueno, revise tu codigo, y tratare de darte una respuesta que espero te satisfaga.

1. Respecto al primer problema, en la funcion tablero2(), tienes un error en uno de los printf, utilizas %s en lugar de %c, entonces la funcion esta esperando una cadena, cuando en realidad tu valor es un caracter.

Basicamente la linea:
printf(" F1  %s   |   %s  |   %s  |   %c  |   %c  |   %c  |   %c  |   %c  |   %c  |   %c  |\n",
reg.barcosj2[1][1],reg.barcosj2[1][2],reg.barcosj2[1][3],reg.barcosj2[1][4],reg.barcosj2[1][5],
reg.barcosj2[1][6],reg.barcosj2[1][7],reg.barcosj2[1][8],reg.barcosj2[1][9],reg.barcosj2[1][10]);
deberia ser:

printf(" F1  %c   |   %c  |   %c  |   %c  |   %c  |   %c  |   %c  |   %c  |   %c  |   %c  |\n",
reg.barcosj2[1][1],reg.barcosj2[1][2],reg.barcosj2[1][3],reg.barcosj2[1][4],reg.barcosj2[1][5],
reg.barcosj2[1][6],reg.barcosj2[1][7],reg.barcosj2[1][8],reg.barcosj2[1][9],reg.barcosj2[1][10]);
2. Respecto a tu segunda pregunta, me fue dificil seguir la logica de tu programa, ya que me parece que estas haciendo mucha redundancia, ademas, no me queda muy claro cual es la variable que utilizas para indicar que el juego se gano, y quien lo gano, pero creo que necesitarias hacer algo mas o menos asi en la opcion de jugar:

                case 3:
                    printf("Quien quiere empezar? 1/2:\n");
                    scanf("%d",&x);
                    do
                    {
                        if(x==1)
                        {
                            jugarj1();
                            jugarj2();
                        }
                        if(x==2)
                        {
                            jugarj2();
                            jugarj1();
                        }
                    }
                    while (ganar != 1);
                    break;

Aunque es probable que tengas que modificar un poco la manera en lo estas haciendo para que funcione.

Finalmente, descubri otro error en tu codigo, que quizas tambien sea el responsable de porque no obtienes un ganador.

En la funcion compganar() tienes un ; al final de los if, eso hace que la condicion del if quede vacia, y el codigo debajo del if siempre se ejecutara.

Especificamente pienso que

    for(i=0;i<11;i++)
    {
        for(j=0;j<11;j++)
        {
            if(reg.barcosj1[i][j]=='O'||reg.barcosj1[i][j]=='S');
            gj2=1;
            if(reg.barcosj2[i][j]=='O'||reg.barcosj2[i][j]=='S');
            gj1=1;
        }
    }

Deberia ser:

    for(i=0;i<11;i++)
    {
        for(j=0;j<11;j++)
        {
            if(reg.barcosj1[i][j]=='O'||reg.barcosj1[i][j]=='S')
                gj2=1;
            if(reg.barcosj2[i][j]=='O'||reg.barcosj2[i][j]=='S')
                gj1=1;
        }
    }

Aunque como dije, me cuesta ver tu logica y quizas yo este equivocado.

Al final te recomiendo que utilices el depurador de tu compilador, y que coloques puntos de interrpcion en las partes criticas de tu programa, para que puedas seguir paso a paso la ejecucion, y de esa forma veas si sigues la logica que te habias propuesto conseguir o si por el contrario, esta equivocada.

Saludos