Yo creo que el problema es que hay esta mal echo el codigo, y hay confusion entre argumentos y metodos a la hora de llamarlos. estube probando y fijate como ahora si nos deja, este es el siguiente codigo:
class Atom (object):
def __init__(self, symbol, mass, position):
self.symbol = symbol
self.mass = mass
self.position = position
def symbol(self):
return self.symbol
def mass(self):
return self.mass
def position_func(self):
return self.position
oAtom = Atom('O', 15.9994, [0.0, 0.0, 0.0])
hAtom1 = Atom('H', 1.0079, [0.0, 1.0, 0.0])
hAtom2 = Atom('H', 1.0079, [1.0, 0.0, 0.0])
lista = hAtom2.position_func()
print 'The mas of the second H atom is', lista