Ummmmm.
Si no hay ninguna referencia a 'Setup1' en el DDF ahí puede estar el problema.
Creo (y si no, por favor que alguien me corrija) que este archivo DDF contiene información para el empaquetado de objetos, luego, si no aparece Setup1, este no se va a incluir en los archivos CAB. Yo probaría añadiendo una línea al DDF tal que así: "Setup1.Exe" , sin más, y volvería a ejecutar el BAT.
Por otro lado, también puedes ver el archivo Setup.inf y comprobar si se ha incluido en el empaquetado Setup1.exe, además de comprobar si es el programa que tú querías (el nº que aparece a la derecha es el tamaño en bytes.)
A ver si poco a poco...
Agur.