Hola gabio2, gracias por tomarte el tiempo y responder mi pregunta. 
Fijate que no tengo problemas cuando realizo una venta, el inventario dsiminuye, no se porque cuando quiero eliminar la factura no se me actualiza el inventario.
Te muestro el codigo para que veas como lo hice, algo parecido hice con la venta, lo unico que cambie en la consulta fue el signo.
Public Sub eliminarDetalle()
        Try          
            For i As Integer = 0 To Me.DataGridView2.Rows.Count - 1
                Try
                    Dim com As SqlClient.SqlCommand = New SqlClient.SqlCommand("Update Producto set Cantidad_Llena = Cantidad_Llena + " & Me.DataGridView2.Item(1, i).Value & " WHERE Id_Producto=" & Me.DataGridView2.Item(2, i).Value, abrirConexion)
                    Dim com2 As SqlClient.SqlCommand = New SqlClient.SqlCommand("Update Producto set Cantidad_Vacia = Cantidad_Vacia - " & Me.DataGridView2.Item(1, i).Value & " WHERE Id_Producto=" & Me.DataGridView2.Item(2, i).Value, abrirConexion)
                    com.ExecuteNonQuery()
                    com2.ExecuteNonQuery()
                Catch ex As Exception
                    ex.Message.ToString()
                End Try
            Next i
        Catch ex As Exception
            ex.Message.ToString()
        End Try
    End Sub
Espero tu opinion!!  Para poder detectar que esta pasando que no logro hacer esto. 

Gracias!!