Puedes abrir los archivos desde vb y compararlos línea a línea con algo así:
Private Function SonIguales(Byval Archivo1 As String, Byval Archivo2 as String) As Boolean
Dim int1 as integer, int2 as integer
Dim str1 as string, str2 as string
On Error Goto Error_Comparar
int1 = FreeFile
Open "Archivo1" For Input As #int1
int2 = FreeFile
Open "Archivo2" For Input As #int2
Do Until Eof(int1)
LineInput #int1, str1
LineInput #int2, str2
If str1 <> str2 then Goto Salir_Comparar
Loop
If Eof(int2) Then Son Iguales = True
Salir_Comparar:
On Error Resume Next
Close #int1
Close #int2
Exit Function
Error_Comparar:
MsgBox Err.Description
Resume Salir_Comparar
End Function
Si la comparación es algo puntual, también podrías utilizar el comando D.O.S. 'FC' (file compare).
Suerte.
