Hola
Yo lo que haria seria cargar el archivo de tecto en un *char, y luego recorrerlo con un for. Para saber que caracter es numero puedes utilizar la funcion isdigit de la biblioteca ctype.h. El uso de esta funcion es muy sencillo, aqui te dejo un miniejemplo:
#include <stdio.h>
#include <ctype.h> // libreria para comparar caracteres
main()
{
int j=0;
char cadena="m4t2";
char *almacen; // aqui guardas los numeros
for(int i=0;i<5;i++) // recorres la cadena
{
if(isdigit(cadena[i])==1) // si el caracter de la cadena es un digito devolvera 1
{
almacen[j]=cadena[i]; // guardo en almacen ese numero
j++
}
}
almacen[j]='\0' // cierro almacen
}
No he probado si funciona el codigo asi que es posible q tenga algun error de sintaxis aunque la idea es esa basicamente. Espero q te sirva
Un saludo