Hola, mira, tenes varias formas para hacerlo, nosotros lo hicimos de la siguiente manera.
Tablas: Para los Rubros (Activo, Pasivo...) / Otros para las cuentas en si (Caja, bancos...), donde reciben asientos contables. y Otra para la relacion de Rubros-Cuentas.
Despues tenes la parte de la registración contable. Una tabla de Cabecera y otra de Detalle (RegContable - RegContableDetalle).
Espero que te sirva, es la mejor manera que encontramos para realizar esta registración contable.
Saludos y suerte. Cualquier duda. Avisas!!!