Hola, yo hace poco he utilizado una aplicacion .Net que se conectaba a una base de datos MySql, y para ello utilice el siguiente conector, que imagino que sera el que estas usando:
http://dev.mysql.com/downloads/connector/net/simplemente como dices metes la referencia y empiezas a programar con el, cuando le pasas la aplicacion al cliente, en vez de que tenga que instalar todo el conector simplemente metes junto con el ejecutable de la aplicacion (osea en la release) ASEGURATE DE HABER COMPILADO EN RELEASE, ya que si no necesitaras otras dlls aparte para que funcione, y la dll que necesitas es ahora mismo no recuerdo cual de todas, creo que MySql.Data.dll que puedes encontrarla en Archivos de programaMySql.... etc si no es esa prueba con todas, es lo que hice yo la primera vez y las vas descartando hasta que te quedes con la que es. Deberia funcionar perfectamente!.
Suerte y un saludo!
