Hola yo hice la semana pasada una conexion entre una base de datos de Mysql y Matlab, supongo que los primeros pasos son los mismos para SQL.
1. Cierra el Matlab
2. Vete a Panel de control>Herramientas administrativas>Origenes de datos ODBC.
3. Te vas a la pestaña que dice "DNS del usuario" y presionas el boton de "agregar"
4. En el listado te vas hasta el final y seleccionas SQL Server, presionas finalizar y abrira otra ventana, llenas con los datos que te piden y cierras todo.
Abres el Matlab y en la pantalla de comando escribes:
>>querybuilder
Te abrira una ventana, donde dice "Data Source" debera aparecer la conexion que hiciste, si tienes alguna duda de como usar el Visual Query Builder, googlealo y te aparecera un tutorial de la pagina oficial de matlab, no te puedo poner el enlace por que aun no tengo esos privilegios.
Saludos.