Hay que tener en cuenta que: :/configure crea un archivo Makefile que compila acorde al hardware, a las librerias disponibles (y sus versiones) y al kernel. Al pasar el codigo compilado de una maquina a otra, tiene que haber compatibilidad de hardware, las mismas librerias (si se usa compilacion dinamica) y naturalmente compatibilidad entre las versiones del kernel.
Si las maquinas no son iguales (misma version de S.O. y hardware "equivalente"), entonces lo mejor es que compiles en ambas.
Cuales son los conflictos que tienes?
