Hola Pana, ni idea de como migrar de pbNet a la web pero es bastante sencillo generar para web en PB12 clasico, podes cargarlo al IIS o generar un archivo .msi para instalarlo en otro lugar (servidor), funciona sin dramas incluso en Windows XP.
Teniendo el proyecto funcionando en winform (aplicacion de escritorio) vas a new / .NET web form Application y sigues el wizard, al terminar te dara una lista con las funciones o propidades no compatibles con web, para corregir eso tenes que usar un preproccesor, acordate siempre de hacer el deploy antes de publicar para webform
espero que te sirva de ayuda, saludos