Amigo si necesitas crear una base de datos en java, mi recomendacion es que uses alguna tecnologia que tenga soporte para ORM(Object Relational Mapping).
Yo te recomendaria JEE6 que incluye el Api JPA(Java Persistence Api). Es bastante simple y rapido crear una base de datos, es una herramienta muy flexible. Cuando creas una base de datos atraves de un mapeo de objetos, matas dos pajaros de un tiro, porque tendras la base de datos, y tambien tendras echo el Domain model(Modelo de datos) que utilizara tu programa java.
Te puedo recomendar algun libro y link donde puedes encontrar mas informacion sobre JPA:
http://blogs.sun.com/alexismp/entry/antonio_s_book_on_javahttp://www.youtube.com/watch?v=9Kf5m7bMu74&feature=youtube_gdata_player (Este video tutorial es muy bueno, en la parte 2 habla sobre JPA)
Si decides utilizar Java EE6, espero que la informacion te sea util.
Saludos.