El estándar es usar 
make. Es una herramienta que procesa órdenes que se encuentran en un fichero que normalmente se llama 
Makefile. Hay bastantes tutoriales por internet (
éste por ejemplo), pero si no quieres aprender a escribir ficheros 
Makefile tú mismo, puedes usar IDEs que intengran dicha funcionalidad automáticamente y generan el 
Makefile ellos mismos, por ejemplo 
Eclipse.
Si tienes alguna duda concreta sobre ello, pues nos lo comentas.
Saludos.