A ver si me aclaro...
En principio no veo la necesidad de que las historias clínicas vayan en la tabla ordenadas como indicas, ya te ocuparás tú al darles salida de ordenarlas.
Lo único que se me ocurre por lo que puedas necesitar tener los registros ordenados en la tabla es que tuvieras la necesidad de asignar un cierto número consecutivo a esos historiales. Es decir,
Del número 1 al 500, historiales con 'A' , del número 501 al 100, historiales con 'B', etc.
Aún en este caso no tienes necesidad de grabar ordenadamente. Necesitarás un campo en la tabla de historiales para almacenar el número que quieres asignar (que este indexado preferiblemente) y otra tabla para controlar la numeración asignada a cada letra de apellido. Algo así:
Numero_Desde Numero_Hasta Letra
1 500 A
501 1000 B
. . .
. . .
100001 100500 Z
Esta tabla la tendrías que actualizar cuando el número de historiales en el intervalo de la letra se te quedara corto. Si no tuvieras las tablas correctamente relacionadas, también tendrías que actualizar los números de la tabla de historiales. Ten entonces en cuenta que el número de los historiales puede variar. Si quieres evitarlo debes hacer el intervalo para cada letra lo suficientemente grande y añadir de alguna forma al número de cada historial el año, de forma que puedas reutilizar anualmente los números del intervalo definido.
En fin... no sé si esto realmente se ajusta a tú caso y no me habré enrrollado mucho.De todas formas no puedes esperar que en un foro alguien te haga el análisis de una aplicación, eso debes currártelo tú, pero algunas ideas seguro que te valen.
Espero que te sirva.
Suerte.