Asumo que el programa compilado en C, no tienes el codigo fuente, sino usarias inline assembly alli y pondrías tus rutinas en asm.
si quieres tener los dos programas en un mismo exe, deberías tenerlos empaquetados y en runtime desenpaquetar el que quieres ejecutar y con algun llamado del sistema operativo ejecutarlo. En el caso de Windows WinExec (puedes ver el msnd, hay info de sobra)