Si lo que tienes que ingresar son las posiciones de la matriz
algo rapido se me ocurre así:
int p1,p2; //Dos variables que guardan la posicion
de la fila y la columna a buscar, respectivamente
p1=readline
p2=readline
for (int f = 0 ; f < 2; f++ ){ //Recorriendo las filas de la matriz
if (f == p1){ //Si encuentro la fila
for (int c = 0 ; c < 2; f++ ){ //recorro la columna
if (c == p2 ) //Si encuentro
matriz[f,c] = "X" //reemplazo por x
}
}
}
espero te sirva ....