La verdad es la primera vez que escucho o leo que traten de usar datos de un PDF para manipularlos, por lo general utilizan hojas de excel, word, txt, ini, etc.. en cualquiera de esos casos te podria ayudar personalmente, sin embargo como nunca lo he hecho te recomendaré los siguientes links:
Este primer link parece ser el más conveniente, sin embargo lo vi un poco complicado si es que no tienes una programación un poco intermedia/avanzada
1)
http://www.codeproject.com/KB/cpp/ExtractPDFText.aspx Ahora este se ve muy sencillo, sin embargo no sé que tan bueno sea, ya que practicamente usarás unas librerias de un tercero, pero se ve mucho más sencillo que la primera opción
2)
http://studentclub.ro/lucians_weblog/archive/2007/03/22/read-from-a-pdf-file-using-c.aspxCualquiera que sea el caso espero que te ayude, si lograste resolver tu duda, no olvides de poner tu solución para que todos los demás tengamos una idea más clara (para cuando a alguien más se le presente un problema como el tuyo).
Un saludo..