Podrías probar copiando el ejecutable fuera del escritorio, por tener algún dato más (seguramente te funcionará ok).
Si no me equivoco tanto en wNT como en 2000 (¿acaso no es la misma plataforma?) el escritorio 'cuelga' de la carpeta 'WINNT'. ¿Puede estar ocurriendo que el propio SO haga que estas carpetas 'especiales' no sean visibles para la función 'Path' del objeto 'App' y que sólo muestre la primera carpeta que sea accesible? Si esto fuera así tendría sentido que el resultado de 'App.Path' sea 'C:WINNT', en caso contrario: no entiendo nada. Desde luego lo que si te puedo decir es que en w95 y 98 'App.Path' muestra la ruta correctamente, esté el ejecutable en el escritorio, mi maletín, esté donde esté...
En fin, lamento no poder ser de más ayuda... a ver si alguien que comprenda windows arroja luz sobre el tema.
Un saludo.