Supongamos que tu archivo de texto se llama datos.txt y tiene los siguentes números:
123 456
213 457
12 234
67 234
lo puedes cargar en Matlab, con:
load -ascii datos.txt
Los datos quedan almacenados en la variable 'datos' (que casualmente es el nombre del archivo).
La primera columna se puede ver con la instrucción:
datos(:,1)
La segunda columna, se puede ver con:
datos(:,2)
Toda la matriz, se puede ver con el nombre de la variable:
datos
Si fuera un caso más complicado y quisieras abrir una gran cantidad de archivos sucesivamente y procesarlos, puedes ver un ejemplo completo en:
matrixlab-examples.com/data-analysis.html
Suerte!