Claro que se puede descompilar y sacar todo el código de tu aplicación en cuestión de segundos bro, y muy fácil, todo gracias a .NET Reflector, que soporta hasta .NET 4.0 (el .NET más nuevo hasta la fecha), pero en cuanto a herramientas para encriptar, eso si no te sabría decir, tal vés y aprendiendo un poco de cracking e ingeniería inversa te ayudaría a evitar de que tu aplicación sea descubierta ó se le pueda romper la seguridad, ya que muchos programas estan protegidos, y aun así, les quitan la protección.
Bueno bro, eso es todo lo que se en base a tu pregunta; espero y te haya sido de utilidad.
Saludos!;
Morringos Phyps!;