Muchas gracias, lo que pasa es que no todas las tarjetas soportan shaders, y trato que las aplicaciones corran en todas partes, además que por shaders el numero de matrices es muy limitado, y el máximo numero de influencias por vértice es 4, la matriz que buscaba era la inversa de la matriz del hueso en reposo multiplicada por la matriz del hueso cuando es animado. Ya domine la animación, ahora voy por detección de colisiones.