Hola Jonathan
Para que tu aplicación Clipper vuelva a funcionar debes configurar las variables de entorno, así:
en el archivo AUTOEXEC.NT (WindoswsSyustem32)
SET CLIPPER=F250;E2000;
en el archivo CONFIG.NT (WindowsSystem32)
files=120
buffers=8
Hay que tomar en cuenta que algunas aplicaciones tienen sus métodos de protección contra copias, por ejemplo: La aplicación busca un cierto archivo en una carpeta determinada, si no lo encuentra NO CORRE, eso ya no lo podemos saber a menos que se tengan los fuentes o por lo menos la aplicación completa para hacer pruebas.
Espero haberte ayudado.
Saludos, desde Santa Cruz de la Sierra - Bolivia.