Muchas gracias por las respuestas, se soluciono con el peekmessage.
El codigo que puse es solo una partecira, que me parecia relevante al tema.
No se si es totalmente necesario que sea con ventanas, pero necesito que el usuario pueda iniciar y parar las tareas, y modificar ciertos aprametros sin que esto interfiera (demasiado) en la ejecucion de las tareas. Por lo que me parecio que iba a ser mas sencillo de esa manera.
gracias y saludos