si estas usando visual studio 2005, por defecto (si no recuerdo mal )cuando lo haces depurando te guarda los cambios en la carpeta binDebug y en cambio cuando lo haces sin depurar, te guarda los cambios en binRelease.
Alomejor es que tu sirmpre estas mirando esa carpeta (o en la que tu le hayas indicado que te guarde el proyecto final).
Si no fuera eso dilo, y veremos que otra cosa podria ser. tambien serviria de ayuda que vs estas usando. Saludos
