hola,
el problema que tienes es que te falta remover el EOL(end of line) que viene después del "//fin-borrar-fin", ya que estas remplazando "//inicio-borrar-inicio.*?//fin-borrar-fin" que incluye los EOL que puede haber entre "//inicio-borrar-inicio" y todo lo que haya en el medio ".?". haciendo la siguiente modificación en el código solucionarías el problema en este caso en particular.
patter = re.compile('//inicio-borrar-inicio.*?//fin-borrar-finn', re.I | re.S)
no se si puede haber casos donde tengas mas información en la misma linea donde se encuentra el "//fin-borrar-fin", de ser asi deberías modificar la regular expression un poco mas.
espero te sea util.
saludos
nrm
pd: siempre recuerda de poner el código completo y asegurate de que funcione, para asi evitarte preguntas sobre este. en este caso con definir la variable path se solucionaba simplemente pero a veces es difícil seguir código de otras personas.