Ya me quedo claro lo primero, lo que pasa es que estaba usando una extensión incorrecta entonces ahora ya se que windows reconoce la extensión y la asocia inmediatamente al programa al que previamente fue asociada esto en la instalación de dicho programa.
Pero todavia me queda la duda de como hacer un programa que genere archivos con determinada extensión y luego al darle clic al archivo nuestro programa sea capaz de abrirlo, esto incluye claro tambien la pregunta de como asociar con windows una determinada extensión a nuestro programa en el momento de la instalación del mismo.