Hola, lemento que aun no resuelvas tu problema, yo estube averiguando y hay una interrupcion de las bios que se encargar de cargar en memoria los drivers necesarios que suelen ser archivos asi como mouse.com, mouse.sys... etc.
De ese modo tu programa corriendo en modo DOS si reconocera el mouse.
Esa posibilidad se logra con la interrupcion 33h, deberias buscar informacion acerca de la misma y ver si puedes hacer tu propio driver para que se cargue en memoria cada vez que necesites el mouse en un programa plataforma DOS.
Yo logre que funcionara, pero no con un driver creado por mi que es lo que estoy intentando hacer, Anda de maravillas, reinicio mi ordenador con un disco de booteo, cuando aparece el simbolo del sistema, le corro el autoexec.bat que es donde tengo definido el driver con las opciones de com2 y cuantos botones, depues abro una aplicacion elaborada por mi que muestra el mouse en modo texto y este aparece perfectamene.
Si antes no le corro el driver no veo el mouse, solo lo veo en windows.
Creo haber encontrado una solucion a tu problema, lindo seria poder elaborar ese driver uno mismo, asi poder incluirlo en el ejecutable de cada aplicacion que se elabore (digo no?)...Bueno, ante cualquier duda me consultas. Saludos y Suerte.