Normalmente usan un script escrito en Perl para parsear archivos, pero igual en PHP podrias usar:
preg_match o explode.
Tener otras consideraciones:
* Como se alimenta el script, para que procese el archivo (No he usado esa opcion de CPanel, asi que no se como le pasa los datos al script).
* El mensaje contiene codigo html?, es decir, que contiene el correo en crudo, para de esta forma armar la expresion regular que ubicara y extraera los datos requeridos.
* Comprobar la regularidad de la estructura del archivo, tomar en cuentas excepciones...
