Seguramente la parte de memoria donde estaban los nodos anteriormente, ya estara ocupada la proxima vez que leas los datos del archivo.
Si es una lista enlazada, podrias guardar la informacion de los nodos en el archivo en el orden en el que recorres la lista. De igual forma, cuando leas los nodos desde el archivo, tendrias que irlos creando/enlazando en el orden en el que los lees