buenas, espero euivocarme, a veces estoy algo espeso y no me doi cuenta. El tema esta con este ultimo codigo que posteastes.
Es posible que en la linea 61 te falte cerrar el bucle while?? osea un " } " lo digo porque sino me esta dando la senzación que esta ocurriendo lo siguiente:
lees la primera linea y la procesas separando las palabras.
ya despues de esto entramos en los bucles,
en ellos haces todo el proceso y al terminar lees la 2ª linea y justo despues cierras el StremReader (ya no podras leer la 3ª)
continuamos dentro del bucle y pides si quieres guardar cambios, pongamos que "no" por ejemplo para continuar leyendo el resto de filas y no sobreescribir el archivo
volvemos a empezar el bucle y ya en este caso no estas procesando la segunda linea sino que estas con "words" que fue creado fuera del bucle con la primera linea y desde ahi ya no lo has vuelto a modificar.
acabas el proceso for y te encuentras con otro sr.ReadLine(); con el problema que ya habias cerrado "sr" Aqui seguramente te suelte un error.
Saludos y espero me este equivocando es que llevo todo el dia trabajando y ando algo espesito, y ahora mismo tampoco puedo provarlo no tengo el VS en este pc para verlo
Lo dicho, Saludotes