SoloCodigo

El lenguaje es siempre el mismo, un S.O. expone una serie de servicios mediante una interfaz determinada y en los S.O.s modernos existen al menos dos niveles de privilegio y en el que se ejecuta el codigo de los programas (modo Usuario) no es posible acceder al hardware, por lo tanto usar los servicios del S.O. es imprescindible. En S.O.s antiguos como MS-DOS se puede usar la BIOS o acceder al hardware directamente mediante in's y out's.

A excepcion de los modulos de modo Kernel (normalmente llamados drivers) y el propio S.O. todo el resto del codigo trabaja en modo Usuario, eso incluye a todos los programas y servicios/demonios. La interfaz de los servicios de Windows y Linux son diferentes (tienen diferentes numeros, diferentes parametros, etc.), el codigo siempre sera ensamblador, por ejemplo en Windows existe la interrupcion 2Eh y en Linux la 80h, cuando llamas a la interrupcion el S.O. la maneja y llama al servicio correspondiente que ya esta cargado en memoria. Es la misma logica (con otros detalles claro) que cuando haces un jmp o un call.

Siempre es codigo assembly, en cualquier lenguaje que uses, de alto o bajo nivel finalmente terminara llamando al S.O., en assembly podras ver detalles de bajo nivel como el pasaje de parametros y en C no por ejemplo:

push 5
call Sleep

Sleep(5);

Tampoco podes tener el control con lenguajes de alto nivel, es una cuestion de proteccion del S.O. unicamente.