Amigos ya lo conseguí, fue más fácil de lo que creía. Para que pueda ayudar a quién lo necesite, esto fue lo que hice:
[arch, error]=fopen(file,'.txt'),'wt');
if arch >-1
for j=1:2
for i=1:length(filasmatriz)-1
fprintf(arch, '%s%d %d %d %d n','A',a(i), matriz(i,j), matriz(i,j+1),A(i) );
fprintf(arch, '%s%d %d %d %d n','B',a(i), matriz(i,j), matriz(i,j+1),B(i) );
end
end
fclose(arch);
return
else
disp('El archivo no fue encontrado')
end