A ver, lo cuento de otra manera a ver si al menos me podeis dar una alternativa...
La idea es esta:
t=((0:(length(data)-1))/44100).';
plot(t(1:500),data(1:500,:));
xlabel('t');
legend('L','R');
%Esta gráfica se dibuja en un axes de la figura
teclaAM=findobj(gcbf, 'tag','teclaAM');
set (teclaAM,'Visible','on');
%teclaAM es un static text que mostrará Pulse una tecla para continuar
pause;
%Y así , tras pulsar la tecla dibujará otra gráfica distinta en el mismo axes
x=(data(:,1)+data(:,2))/2;
hold on;
plot(t(1:500),x(1:500),'.-r');
legend('L','R','Señal mono');
pause;
%Así sucesivamente
El problema es que para que funcione la tecla la tienes que pulsar estando activa la ventana principal de matlab y no la de mi .gif
A ver si ahora me he explicado mejor...Gracias