El gerente de la empresa se queja de que casi todo el personal nuevo que contrata no conoce Linux
¿Para qué los contrata entonces?
desea migrar a Windows.
Supongo que te refieres a los servidores. Habría que ver si la aplicación PHP no use funciones específicas de Linux, si no, no debería haber problema, aunque ya se sabe...
Si son los clientes, no creo que haya problema en que sean Windows si sólo deben acceder al servidor por medio de HTTP.