Tradicionalmente un árbol binario mantiene una estructura ordenada de la forma: Menores iguales a la izquierda y mayores a la derecha.
En un árbol ternario es: Menores a la izquierda, iguales al centro y mayores a la derecha.
En la práctica el arbol binario hace un buen trabajo, y no sacrifica memoria con los nodos no utilizados al centro, es decir que es más óptimo para la mayoría de tareas, sin embargo el ternario existe por que hay ocasiones en que no se puede realizar la labor con un binario.
Saludos.