No estoy muy seguro, porque hace ya tiempo que no uso expresiones como esas en el scanf, pero creo que te sobra una "s". El código que has puesto es el siguiente:
sscanf(ptr,"%[^=]s=%s",Var,Value);
Y yo diriía que debería ir así:
sscanf(ptr,"%[^=]=%s",Var,Value);
Porque al usar los [], no hace falta indicar que va a ser una cadena, y el sscanf espera que haya una S, y como no la hay, no sigue leyendo más carácteres.
Que yo recuerde era así. Espero que te sirva de ayuda.
Un saludo.