Hola Pinush,
Yo, en tu situación, te recomendaría el formato para modelos md3. Es el empleado por Quake 3, mejor que el md2, y aún así relativamente sencillo de emplear. Respecto al formato de mapas emplea también el de Quake 3, pues no es complejo (deberás leer sobre los árboles BSP) y, lo más importante, tienes infinidad de artículos y ejemplos sobre él, además de todo tipo de mapas listos para usar y editores para crear los tuyos propios.
Cuando hayas acabado por completo ese juego puedes comenzar a fijarte en formatos más avanzados, como los de Doom 3, o crear los tuyos propios.
Un cordial saludo,
Rubén