Me parece que no sabes muy bien en qué te estás metiendo... Pero por ayudar que no quede
¿Podrían decirme como puedo hacer esto?
¿Estudiando física? Wikipedia es un buen comienzo para obtener las bases muy básicas, y sobre todo, las fórmulas. Ten en cuenta que muchas de estas fórmulas requieren cálculos intensivos o cálculos avanzados (tipo ecuaciones diferenciales).
Esto te puede ayudar (no lo he probado):
http://www.codecolony.de/Tokamak/moléculas y átomos
A menos que tengas mil millones de años de vida por delante, o toda la humanidad a tu servicio eternamente, olvida esta parte, es muchísimo más complicado de lo que crees. Por algo la física nuclear es tan jodida
(además de necesitar un ordenador que dudo que se haya inventado aún para todos los complicadísimos cálculos que vas a necesitar hacer).
Una opción muy a tener en cuenta es simplificar la realidad, que es lo que hacen la mayoría de los motores gráficos.
Salud y, sobre todo, ayuda
