Ya lo pude arreglar, tuve que:
1) Darle permisos de ejecución chmod +x a todo el path donde están los archivos a subir, ósea, un chmod +x desde /var, hasta /var/www/upload
2) Darle permisos 777 a los archivos (no me pregunten por qué??? pero sino le daba permisos tampoco funcionaba)
3) Darle permisos GRANT ALL PRIVILEGES al usuario MySQL
Y ahí si funciono, gracias