Yo creo, que si tu ingresas estas cadenas en un vector fila, podrías preguntar por el valor en la posición que tu desees, ya si no cumple los requerimientos que tu quieres, entonces no es una cadena de ceros y unos valida para ti, trataré mas o menos de ilustrarte con lo siguiente.
Ingresar cadena de unos
Si 0>=valor>=1 entonces, valor no valido
si valor[1,1]=0, cadena valida
si valor[1,2]=0, cadena valida
si valor[1,3]=1, cadena valida
...
fin
esto solo es una pequeña ilustración, pero lo podrias hacer así para cada una de las cadenas que posees, busca las caracteristicas sobresalientees de las cadenas que posees y pregunta por las diferentes posiciones en los vectores, estoy seguro que no es un programa muy complicado, ánimo y exitos en su ejecución.
Espero que si alguien conoce una forma mas rápida de hacerlo, nos ilustre como.